Pierwszą gitarą Jasona Beckera była akustyczna gitara marki Franciscan. Przed dołączeniem do Cacophony w 1987 gitarzysta używał wspomnianej Franciscan, akustycznej Takamine, elektrycznego Fendera Musicmastera oraz czarnego Stratocastera z zamontowanym humbuckerem DiMarzio Steve Morse, Floyd Rose’em oraz maskownicą w charakterystyczne czarne paski. Gitarę możemy zobaczyć i usłyszeć w nagraniu wideo Malmsteenowskiego „Black Star”. Wideo pochodzi prawdopodobnie z 1986 – Jason miał wtedy 17 lat! W tym materiale widoczne jest również małe ćwiczebne combo Peaveya (najprawdopodobniej Backstage, Bandit lub Studio Pro).
We wczesnych latach zespołu Cacophony Jason Becker był endorserem marki Hurricane. Pierwszy album Cacophony został nagrany z użyciem białego Hurricane’a EX z klonowym gryfem i palisandrową podstrunnicą. Gitara posiadała 22 progi oraz układ przetworników HSS. Podczas pracy nad „Perpetual Burn” Jason używał innego modelu Hurricane serii EX – w niebieskim kolorze i z nieznanymi przetwornikami DiMarzio; gryf, w całości klonowy, posiadał 24 progi. Za brzmienie w pierwszym składzie Cacophony odpowiedzialny był słynny do dziś preamp ADA MP-1. „Perpetual Burn” to pożyczony Marshall half stack z lat 70. dopalony kostką Boss Super Overdrive.
W drugim składzie zespołu Cacophony Jason Becker grał na zupełnie nowych instrumentach marki Carvin (modelach DC-200). Również wzmacniacze z tego okresu są tej firmy (Carvin X100B). Jeden z instrumentów posiadał top z klonu płomienistego i pomalowany był niebieskim, transparentnym lakierem, drugi, w kolorze burgunda, można zobaczyć na słynnym wideo „Yo Yo” z 1989 roku pochodzącym z japońskiej trasy zespołu Cacophony. Jason reklamował niebieskiego DC-200 na łamach gitarowych magazynów (np. „Guitar World”). Gitara została wycofana z produkcji, a kosztowała wtedy niecałe 900 $. Firma Carvin wznowiła produkcję tego instrumentu pod postacią DC-400; model posiada nieco zmodyfikowany kształt główki. Jason używał gitar Carvin do roku 1989, kiedy to zdiagnozowano u niego ALS.
Podczas pracy z Davidem Lee Rothem i sesji „A Little Ain’t Enough” gitarzysta używał wzmacniaczy Marshall (ośmiu różnych typów) oraz wielu różnych gitar Carvina, Ibaneza, ESP i Valley Arts; używał również modelu Les Paul oraz w niektórych trackach akustycznego Gibsona. Najbardziej zapamiętaną z okresu 1989–1991 gitarą jest customowy model Peaveya z markerami w postaci numerów pozycji na gryfie. Podobnych instrumentów było więcej – Ibanez oparty na modelu RG, custom od Performance Guitars oraz kilka stratopodobnych nieznanej marki.
W 2008 roku we współpracy z Paradise Guitars USA powstała sygnatura Jasona Beckera. To instrument podobny do numerycznego Peaveya, ale ze zmienioną główką. Posiada również kolorowe numery progów. Korpus wykonano z olchy; gryf, jak i podstrunnica o profilu 16 i 24 progach, są klonowe. Wewnątrz gryfu zamontowany jest obustronnie działający pręt. Instrument wyposażono w system Floyd Rose’a oraz czerwone satynowe stroiki firmy Sperzel. Przetworniki to DiMarzio PAF Pro Custom (neck) w kolorze żółto-czerwonym, singiel DP116 HS-2 w środku, w kolorze zielonym oraz Tone Zone-Custom (bridge) w kolorze różowo-niebieskim. Kolory przetworników korespondują z kolorami markerów na gryfie oraz z czerwonym pięciopozycyjnym przełącznikiem i różową gałką volume. Jason chciał, aby gitara przypominała stare drewniane zabawki dla dzieci.
