Sekcje Preamp, Comp/FX1, EQ/FX2, OD/DS, Mod, Delay, Reverb i Pedal FX to odrębne moduły brzmieniowe wyposażone w zestaw typowych potencjometrów, dzięki któremu każdy szybko ustawi pożądane parametry poszczególnych efektów. ME-80 podobnie jak poprzednicy wykorzystuje technologię symulacji wzmacniaczy COSM, oferując paletę dziewięciu modeli brzmieniowych zaczerpniętych z flagowego multiefektu Boss GT-100.
Boss ME-80 może funkcjonować jak tradycyjny pedalboard, z którego na bieżąco wybieramy i aktywujemy poszczególne efekty, ale można także zapisać własne ustawienia wszystkich parametrów w jednym z 36 programów użytkownika. Urządzenie posiada również tuner, funkcję loopera, a także wbudowany interfejs USB/MIDI do bezpośredniego nagrywania. Aplikacja komputerowa Boss Tone Studio dodatkowo rozszerza możliwości edycji i zapisywania ustawień efektu.