W stosunku do swojego klasycznego pierwowzoru z jednym tylko potencjometrem, MXR Custom Shop Phase 99 został rozbudowany o drugi, bliźniaczy układ z osobnym wyjściem i niezależną regulacją prędkości dla uzyskania oryginalnych efektów stereo. Dodatkowe przełączniki pozwalają na zmianę przepływu sygnału pomiędzy obydwoma układami szeregowo lub równolegle, ustalenie charakterystyki brzmienia modern lub vintage oraz synchronizację obu kanałów.
