W 1988 Marty wydał swoją pierwszą solową płytę „Dragon’s Kiss”, która zawierała gościnne partie Jasona Beckera. Sam, gościnnie pojawił się na wydanym w tym samym roku pierwszym solowym albumie Beckera „Perpertual Burn”. Mimo sukcesów komercyjnych płyt Cacophony i solowego albumu, kariera Friedmana dopiero nabierała rozpędu. W 1990r. Dave Mustaine, lider i twórca Megadeth, zaproponował mu objęcie posady gitarzysty solowego, w będącym już wtedy legendą zespole. W dekadzie współpracy Friedmana z Megadeth formacja ta wydała najlepiej sprzedające się albumy: „Rust in Peace” (1990), „Countdown to Extinction” (1992), „Youthanasia” (1994), „Cryptic Writings” (1997) i „Risk” (1999).
W 2000r. Friedman ogłosił swoje odejście z Megadeth i zniknął z radarów fanów gitarowej muzyki. Wkrótce okazało, że Marty zrealizował swoje marzenia i przeprowadził się do Japonii, gdzie już od lat osiemdziesiątych posiadał rzeszę wiernych fanów. Uzbrojony w biegłą znajomość japońskiego, zdolności kompozycyjne, ruszył na podbój medialnego i muzycznego rynku kraju Kwitnącej Wiśni. Bardzo szybko stał się osobowością telewizyjną i do dziś prowadzi swój show „Rock Fujiyama”. Występował wielokrotnie w największych salach muzycznych, jak Tokio Dome, czy Budokan. Skomponował także niezliczoną ilość utworów, z których wiele pojawiało się na szczytach japońskich list przebojów.
